Το Σπήλαιο Μελιδονίου βρίσκεται περίπου 1800 μέτρα βορειοδυτικά του χωριού. Έχει μια εξαιρετικά ενδιαφέρουσα ιστορία και εκπληκτικά αρχαιολογικά ευρήματα μερικά από τα οποία εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου.

Το σπήλαιο του Μελιδονίου ονομάζεται και «Γεροντόσπηλιος». Το χρησιμοποιούσαν για θρησκευτικές τελετές. Κατά την Μινωική εποχή, ήταν τόπος λατρείας του Τάλως, του χάλκινου γίγαντα φύλακα της Κρήτης που προστάτευε το νησί της Κρήτης από τους εχθρούς.

Είναι αρχαιολογικού και ιστορικού ενδιαφέροντος. Τον Οκτώβριο του 1823 370 γυναικόπαιδα και 30 πολεμιστές που κρύφτηκαν από τον Χουσεΐν Μπέη αναζήτησαν καταφύγιο στο σπήλαιο του Μελιδονίου. Όταν το έμαθε, το σπήλαιο περικυκλώθηκε από τον στρατό του και ζήτησε από τους Κρητικούς να παραδοθούν.

Αφού αρνήθηκαν να το κάνουν, οι Οθωμανοί άρχισαν να τους επιτίθενται. Τρεις μήνες αργότερα οι Οθωμανοί έριξαν εύφλεκτα υλικά σε ένα άνοιγμα που οδηγεί στο σπήλαιο και του έβαλαν φωτιά. Άνδρες, γυναίκες και παιδιά έχασαν τη ζωή τους στη σπηλιά τον Ιανουάριο του 1824. Στην κεντρική αίθουσα του σπηλαίου υπάρχει οστεοφυλάκιο που περιέχει τα οστά των ηρώων του σπηλαίου Μελιδονίου.

Η τοξωτή είσοδος του σπηλαίου οδηγεί στον πρώτο θάλαμο του σπηλαίου που ονομάζεται «Δωμάτιο των Ηρώων», όπου βλέπουμε το «Μνημείο» , ένα συγκρότημα γεμάτο σταλαγμίτες. Στο δρόμο για το «Σταυροδρόμι» μπαίνουμε στον δεξιό θάλαμο. Φτάνουμε στην αίθουσα “Πάσλεϋ” όπου οι σταλαγμίτες και οι σταλακτίτες δημιουργούν ένα υπέροχο σύμπλεγμα.

Καθώς προχωράμε , ογκώδεις βράχοι δίνουν το συναίσθημα ότι βρισκόμαστε σε άλλο πλανήτη. Στην αίθουσα “Των βράχων” , οδηγούμαστε μέσα από ένα στενό διάδρομο στο “Θάλαμο της Καταβόθρας” και στρίβοντας δεξιά καταφθάνουμε στο “Υπερώον”.​

Κατεβαίνοντας το σπήλαιο φτάνουμε ξανά στο «Σταυροδρόμι» και περπατάμε στην αριστερή πλευρά του σπηλαίου που έχει μόνο τον “θάλαμο των κουρτινών”, ο οποίος είναι στολισμένος με εντυπωσιακούς σταλακτίτες και σταλαγμίτες.